Milešovský potok pramení v Českém středohoří, pod vrchem Bukový (679 m.n.n) nedaleko Vojenského rybníka. Z rybníka dále teče severovýchodním směrem a pod vrchem Milešovkou se stáčí do Milešova. Zde se do něho vlévá několik menších potůčků z obou stran. V Milešově se do něho v osadě Mlýnce, vlévá Pálečský potok a pod osadou se nachází dva rybníky, které dříve sloužili Lučskému mlýnu. Dále jeho tok pokračuje na východ až do obce Velemín, kde dále přitéká Luční potok. Následně už Milešovský potok protéká celým Opárenským údolím. Podél něho jsou místy zachované zbytky lužních lesů tvořené přirozenými olšinami s jasanem ztepilým (Fraxinus excelsior) nebo vrbami. V těchto stinných a vlhkých polohách se nachází řada nápadných druhů bylin, které zaujmou hlavně v jarních měsících. Mezi ně se řadí například plicník lékařský (Pulmonaria officinalis) nebo sasanka hajní (Anemone nemorosa).
Nad obcí Oparno se do Milešovského potoka vlévá potok Dobkovický. Pod samým Oparnem se nachází bývalý Černý a Císařský mlýn. Před soutokem s řekou Labe protéká Malými Žernoseky a jeho průměrný roční průtok se zde pohybuje okolo 0,5 m3/s. Název obce Žernoseky souvisí s výrobou žernovů. Žernov byl pravěký ruční mlýnek na obilí. Již v té době byla součástí jeho výroby vyvřelá hornina porfyl, která se zde těžila. Na levém břehu Milešovského potoka lze najít zbytky zašlých lomů, kde se později těžila kromě porfyru i rula. Pro Oparenské údolí jsou charakteristické druhy živočichů, které se přizpůsobily životu ve vlhčím prostředí lužního lesa a kolem vody. Za zmínku stojí výskyt druhů jako je skorec vodní (Cinclus cinclus), pěvec, který loví téměř výhradně pod vodou. V údolí je také výskyt zajímavých obojživelníků jako je například mlok skvrnitý (Salamandra salamandra), nebo rosnička obecná (Hyla savignyi).

Milešovský potok

Potok v Oparenském údolí