Součástí rezervace Údolí Jizery, rozkládající se na ploše necelých 40 ha, jsou především říční náplavy, řídce porostlé vegetací, v širších místech potom říční niva i strmé svahy s četnými sesuvy a rozsedlinami. Přirozená květnantá bučina se zachovala zejména na levobřeží, převažuje buk lesní, javor klen, bříza bělokorá, lípa malolistá, jedle bělokorá a habr obecný. V bezprostředním okolí Riegrovy stezky rostou smrkové monokultury.
Jizera slouží jako koridor pro sestup horských a podhorských druhů rostlin do nižších poloh a současně pro šíření teplomilné květeny proti proudu řeky. Můžeme tu potkat lomikámen trsnatý vlnatý vedle mázdřivce rakouského, kontryhelu slámožlutého, violky dvoukvěté, svízelu horského nebo kerblíku lesklého. Na slunných místech jsou k vidění např. zběhovec lesní, klinopád obecný, náprstník velkokvětý, rozschodník tenkolistý či tolita lékařská. V porostu suťových lesů na svazích často dominuje kyčelnice devítilistá.