Jizera pramení na jižním svahu hory Smrk v Jizerských horách a její povodí zahrnuje plochu 2 194 km2. Protéká náhorní planinou Velké Jizerské louky. Pod Bukovcem se zařezává do prudce se svažujícího sevřeného údolí. Z Polska do Jizery přitéká říčka Bystrzyna a Jagniecy potok. Pod Harrachovem přivádí vodu z Krkonoš Mumlava. U Horní Sytové se vlévá Jizerka, u Poniklé teče řeka malým krasovým územím. Po téměř 50 km dlouhé pouti přitéká Jizera do Semil, kde se do ní vlévá Oleška, pramenící u Studence a odvodňujíci podkrkonošskou oblast. Pod Semily vstupuje řeka do soutěsky s Riegrovou stezkou. Pod Spálovem ústí do Jizery její největší pravostranný přítok – Kamenice. Jizera a její přítoky protékají pestrým podložím, které je tvořeno horninami krkonošsko-jizerského, železnobrodského krystalinika i usazeninami mladšího paleozoika.

Koryto s naplaveným kamením na horním toku Jizery

U Malé Skály vstupuje Jizera do hornin české křídové pánve, které ji doprovázejí až k ústí u Toušeně (169 m n. m.), kde se po 165 km vlévá do Labe jako jeho největší pravostranný přítok. Horní tok Jizery byl před jeho regulací využíván např. pro splavování dříví, hluboko do 19. století nejdůležitější strategické suroviny. Sloužilo nejen jako základní stavební materiál, ale obrovské množství ho bylo každoročně spotřebováno na otop domácnostmi, ještě ve větší míře potom v hamrech, sklárnách a také v milířích pro výrobu dřevěného uhlí. Třeba do Turnova, kterému se díky postupující urbanizaci dříví stále nedostávalo, bylo po Jizeře pravidelně splavováno minimálně do konce 60. let 19. století. A ještě o dvacet let později se u města z koryta řeky běžně těžil písek, využívaný především na stavbách.

Klidný tok Jizery

Historická pohlednice tunelu se strážním domkem