Hlavním důvodem vyhlášení NPR Děvín-Kotel-Soutěska je ochrana skalních, stepních, křovinných a lesních ekosystémů na vápencovém podkladu s mimořádně bohatou flórou a faunou, formujících se již po tisíciletí za přispění člověka.
Historie ochrany tohoto území:
1946 – vyhlášení přísné rezervace
1956 – vyhlášení státní přírodní rezervace
1976 – vyhlášení CHKO Pálava, jejíž součástí je i zdejší rezervace
1986 – CHKO Pálava je zapsána do seznamu biosférických rezervací UNESCO
1992 – začíná platit zákon 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, vyhlášení národní přírodní rezervace
1996 – zrušení obory Pálava a odsun koz bezoárových do lesní obory k České Lípě
2003 – zaniká BR Pálava a vzniká nová Biosférická rezervace Dolní Morava, která v sobě zahrnuje jak území CHKO Pálava, tak Lednicko-Valtický areál s nivou řeky Dyje i Soutok, lužní les pod Břeclaví
2004 – vstup ČR do Evropské unie, NPR Děvín-Kotel-Soutěska se stává součástí národního seznamu soustavy NATURA 2000 a také součástí Ptačí oblasti Pálava