K nejstarším doloženým osadách na celém Vyškovsku patří Pustiměř, nazývána tehdy Pustimír. Název pochází s největší pravděpodobností ze slovanského jména Pustimír. Právě pod touto variantou byla obec označena v historické listině z roku 1046. Ještě začátkem 20. století byla na pustiměřské faře používána farní pečeť s názvem Pustoměř.

Farní pečeť Pustoměř

Pustiměř byla vždy důležitým střediskem, o čemž svědčí jak archeologické nálezy z doby kamenné (střepy, kamenné nástroje). V období 5. – 7. stol. získávalo okolí Pustiměře na významu, rozvinulo se opevněné hradisko u dnešní obce Zelená Hora, které v době Velkomoravské říše bylo důležitým velkomoravským hradem. V průběhu 12. – 13. století se držba Vyškovska a tedy i původního centra kraje Pustiměře dostávala do rukou olomouckého biskupství.

Od druhé poloviny 13. století se v Pustiměři vyvinulo nezávislé soudnictví, tržní právo, určitá svoboda osob a majetku a také „mýtní právo“ (vybíralo se pod vznikajícím hradem v Melicích), hrdelní právo a právo na učení pro 70 okolních vesnic.

První zmínka o farní a zároveň klášterní škole v Pustiměři je datována do roku 1401.

V období husitských válek byl zničen hrad Melice i klášter, který byl definitivně zrušen olomouckým biskupem a panovníkem až roku 1588.

Dalším obdobím útlumu obce byla doba třicetileté války. Po odchodu Švédů z Vyškova v roce 1644 zůstali v Pustiměři jen 3 koně a 3 krávy a hrad Melice byl vypálen.

Obec Pustiměř vznikla sloučením původně dvou obcí – Pustiměře a Pustiměřských resp. Německých Prus. V současnosti žije v obci 1705 obyvatel (údaj z r. 2013). Nyní je v obci otevřený nové ubytování – penzion U Grmelů – www.grmelovi.cz