Kostel v Malé Chuchli je zmiňován ve 13. století jako farní, na konci 13. století jej pražský biskup Řehoř předal Zbraslavskému klášteru, který byl s krátkou výjimkou v době husitských válek správcem kostela až do svého zrušení (1785). Do roku 1974 byl kostel ve správě farního úřadu u sv. Jakuba Většího ve Zbraslavi, dnes je spolu s kostelem sv. Jana Nepomuckého ve správě fary u kostela sv. Filipa a Jakuba v Praze – Zlíchově.

Původní románská stavba se nedochovala, vzhledem ke značnému prosakování podzemních vod byla zbořena a místo zavezeno. Současná barokní stavba pochází z roku 1774, kdy byla posvěcena opatem Zbraslavského kláštera Celestynem Stoyem. Hlavní opravy kostela probíhaly v letech 1860–1861 a 1970–1971, naposledy byl kostel rekonstruován v letech 1994 – 1995.