Pramení na jihovýchodním okraji Prahy, u obce Vestec u Jesenice. Délka jeho toku je 14,8 km a velikost povodí 31,6 km2. Hlavními přítoky Kunratického potoka jsou Olšanský, Vackovský a Roztylský potok.

Na toku je vybudováno několik rybníků, největší z nich je Šeberák, dále pak např. Hornomlýnský, Dolnomlýnský a Labuť. Ve své střední části potok protéká Kunratickým lesem. Toto území, kde se zachovala původní rostlinná i živočišná společenstva, je vyhlášeno přírodní památkou – Údolí Kunratického potoka.

Okolí Kunratického potoku lze zhruba a s nadsázkou rozdělit na tři části: polní, lesní a cyklistickou. První část prochází pouze mezi poli, kde chybí cesty. Druhá část začíná u rybníka Šeberáku, prochází údolím pod Kunraticemi, ale především Kunratickým lesem a končí u dalšího rybníka Labutě. Poslední část je představována dokonalou cyklostezkou, která sleduje nejen Kunratický potok, ale také Jižní spojku a končí u Barrandovského mostu, pod kterým se vlévá do Vltavy.