Problémem Milíčovského lesa je neustálé a plíživé přibližování zástavby k lesu. Ze strany Jižního Města to je obytný soubor Milíčovský les. V městské části Praha – Újezd v Kateřinkách to je projekt Viladomy Milíčovský les, Polyfunkční dům u Milíčovského lesa a nové rodinné domy. U jihovýchodního okraje lesa v Křeslicích je pak plánována rozsáhlá výstavba rodinných domů.

Tato výstavba s sebou nese mnoho problémů, které budou negativně ovlivňovat, nebo již ovlivňují celý les. Je třeba, aby se kompetentní orgány zamyslely nad územním plánem hl. m. Prahy a nepovolovaly další zástavbu zelených ploch v blízkosti Milíčovského lesa. Tento problém se netýká jenom Milíčovského lesa, ale všech zelených ploch a území v Praze.