V lese jsou prováděny probírky a obnova smrkových částí lesa původními dřevinami, důraz je také kladen na přirozené zmlazení dubových porostů.

Milíčovský les je jako ostatní lesy v majetku hl. m. Prahy obhospodařován podle zásad trvale udržitelného hospodaření v lesích. Hlavní město Praha je navíc od května 2007 držitelem mezinárodního, ekologicky velmi přísného lesnického certifikátu Forest Stewardship Council (FSC), který hospodaření v lesích směřuje k dosažení přírodě blízkých lesních porostů. Certifikace FSC je prestižní ocenění uznávané po celém světě, a to nejen lesníky, ale i nevládními organizacemi. Certifikační standard klade na vlastníky lesa vysoké nároky (celkem je posuzováno 160 kritérií v oblasti ekologické, ekonomické i sociální), v mnoha oblastech vysoce nad rámec požadovaný lesním zákonem, proto je certifikace vždy dobrovolným aktem.

Snahou správce lesa je, aby se zastoupení dřevin co nejvíce blížilo původnímu přirozenému složení porostů v daném území. Text vytvořen s využitím brožury Milíčovský les vydané Odborem ochrany prostředí MHMP.