Počátky města sahají do 12. století, kdy zde vznikla na stezce procházející pohraničním hvozdem malá osada. Celé rozlehlé okolní území dostal od krále výsluhou Vítek z Prčic, první člen rodu Vítkovů, později známého rodu Rožmberků.

V polovině 13. století mělo toto místo německý název „Wittigenowe“, Od roku 1341 se označuje jako město a od roku 1366, kdy se vlastníky Třeboně a přilehlého panství stali páni z Rožmberka, se objevuje její český název.

Roku 1551 se ujal vlády nad rožmberským majetkem významný politik a hospodář Vilém z Rožmberka. Získal do rožmberských služeb Jakuba Krčína z Jelčan, jehož hospodářské reformy, hlavně pak stavby rybníků, zasáhly také město Třeboň. Viléma vystřídal po jeho smrti roku 1592 mladší bratr Petr Vok, poslední člen rodu.

Roku 1602, po prodeji krumlovského panství, se odstěhoval s celým dvorem trvale na Třeboň, kde roku 1611 zemřel. Během třicetileté války bylo město v roce 1622 dobyto císařskými vojsky a třeboňské panství si ponechal císař. Roku 1660 se jeho novými vlastníky stali

Schwarzenbergové, v jejichž držení zůstalo až do dnešního století. Po první světové válce přešel téměř celý třeboňský hospodářský majetek Schwarzenbergů do rukou státu. Historický vývoj zanechal ve městě řadu významných památek. Patří mezi ně především gotický kostel sv. Jiljí, klášter, zámek, zbytky městského opevnění a mnohé domy městské zástavby. Centrum města Třeboně je chráněno jako městská památková rezervace.