Kostel sv. Jiljí s vysokou věží dominuje souboru budov někdejšího augustiniánského kláštera, založeného Rožmberky v roce 1367 pro kanovníky řádu sv. Augustina. Klášter poznamenal dějiny města a zařadil se k předním centrům vzdělanosti a umělecké tvorby na českém jihu. Rožmberská nadace byla neobyčejně velkorysá, jmění kanonie však rostlo i obratnou hospodářskou politikou a odkazy. Z původního kláštera si zachovala svou prvotní podobu ze 14. století v neporušeném stavu pouze křížová chodba s kaplí sv. Jana Křtitele, zatímco jeho patro bylo v pozdějších dobách několikrát změněno. Ostatní budovy na nádvoří kláštera jsou převážně z období nového rozkvětu kláštera v 18. století. Kašna uprostřed nádvoří pochází z konce 17. století. V roce 1785 byl klášter zrušen.

Návštěvníci dnes mohou vstoupit pouze do kostela sv. Jiljí, který od konce minulého století nese rozšířený název na kostel Panny Marie Královny a sv. Jiljí. Jeho zvláštností je dvojlodí, provedené zde poprvé v českých zemích. Gotickou klenbu podpírají čtyři štíhlé sloupy, stojící v podélné ose kostela. Koncem 14. století byl kostel vyzdoben tabulovými oltářními obrazy od Mistra Třeboňského a opukovou sochou Madony s děckem. Socha je v kostele dodnes a podle odborníků jde o jeden z nejkrásnějších výtvorů českého sochařství.

klaster 01